1690（元禄3）年、5代将軍・徳川綱吉によって建てられた孔子廟（こうしびょう＝孔子を祀る霊廟）が前身。「日本の学校教育発祥の地」の碑が立つように幕府直轄の昌平坂学問所が置かれた地であり、菅原道真を祀る湯島天神（湯島天満宮）とともに、受験生の合格祈願で有名なスポットになっています。
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湯島聖堂では毎年1月1日～4日に『正月特別参観』（特別公開）が行なわれています。大成殿の内部が特別に公開されるもの。また1月1日には『元旦素読初め』（著名な講師の指導で論語を素読）も行なわれます。大成殿内に売店が設置され、各種記念品も販売されます。